Die erste urkundliche Erwähnung erfolgte 1288 unter dem Namen 'Ytzengesesze'. Aus dem Jahre 1754 liegt eine Statistik vor, derzufolge in Eidengesäß in 50 Haushaltungen 199 Personen lebten, 52 Wohn- und Gemeindehäuser sowie 2 Mühlen und eine reformierte Kirche vorhanden waren. In einem Verzeichnis aus den Jahren 1751 bis 1785 werden die damals hier lebenden Bürger aufgeführt. Ein gutes halbes Dutzend dieser Familiennamen sind noch heute vertreten. 1806 kam es zum Bau des Rathauses, das als schöner Fachwerkbau begonnen, 1889 aber wegen rationeller Überlegungen stilwidrig aufgestockt wurde. Bis 1829 besaß der Ort zwei Schulen, eine reformierte -und eine lutherische-, die dann vereinigt worden sind. Als Schulsaal diente ein Raum im Rathaus. 1889 erbaute die Gemeinde ein neues 'Schulhaus', das 1950 umgebaut und aufgestockt wurde.
10 Jahre später kam es zur Gründung des Schulverbandes Eidengesäß-Geislitz, dem sich dann noch die Gemeinden Großenhausen und Lützelhausen anschlossen. Der Verband errichtete eine Gemeinschaftsschule zwischen Eidengesäß und Geislitz, die 1963 eingeweiht werden konnte.
1909 erhielt Eidengesäß eine Wasserleitung und 1921 elektrisches Licht. In der Nähe der Mühlen erbaute man 1938 ein Schwimmbad, das während des Krieges geschlossen und später nicht mehr eröffnet wurde.
1953/54 wurden ein Feuerwehrhaus und ein Dorfgemeinschaftshaus erstellt. Letzteres ist im Jahre 1971 zu einem Kindergarten umgebaut worden.
Eidengesäß, das sich inzwischen intensiv um die Förderung des Fremdenverkehrs bemühte, erhielt den Titel 'Staatlich anerkannter Erholungsort'. 1981/82 ist durch den Um- und Anbau der alten Schule ein Bürgerhaus mit Saal entstanden.
1985 entstand ein neues evangelisches Pfarrhaus und gemeinsam mit Geislitz wurde eine Pfarrstelle eingerichtet.
Ein Feuerlöschteich als Freizeitanlage im Wiesengrund wurde 1988 fertiggestellt und eingeweiht. Ein Jahr danach feierte dieser Ortsteil sein 700jähriges Bestehen.